Hoi Mandy,
Ik heb zelf ook een hele tijd een webshop gehad, wij gebruikten sisow voor onze betalingen. Je kan bij notities van je bestelling de betaalgegevens bekijken. Je bestelling springt bij sisow ook automatisch op processing.
Voor orders tegelijk uitprinten gebruikten we deze module: http://amasty.com/mass-order-actions.html Die module is echt handig! Je kan er in een keer facturen aanmaken en bestellingen op verzenden zetten.
Daarnaast hebben wij ook lang gezocht naar een systeem voor het boekhouden, maar nog niet echt iets kunnen vinden. E-Boekhouden.nl heeft wel een magento connector, maar deze werkte bij ons in de shop niet goed.
In ieder geval veel succes met je Magento Shop!