Ik sluit me bij idbroker aan dat je in de eerste plaats een goede octrooigemachtigde in de arm moet nemen om je te laten adviseren. Zoek er een die ervaring heeft met software, dat hebben de meesten niet. Zo'n octrooigemachtigde heeft meestal een samenwerkingsverband met een collega in de VS, die in jouw geval om advies gevraagd zal worden.
Als je keihard kan bewijzen dat je "prior art" hebt, dat wil zeggen dat jij je ding al had voordat zij het octrooi gingen aanvragen, dan zit je goed. Zoek dus naar bewijzen dat jij je idee al tijdig had opgeschreven. Als je dat niet kan bewijzen, dan vrees ik het ergste voor je. Ik neem ook aan dat "zij" dat octrooi al een tijd geleden hebben aangevraagd, dat kan best een jaar of twee jaar geleden zijn neem ik aan?
Overigens is in de VS software makkelijker te octrooieren dan hier. Ik denk dat jij de keus hebt tussen twee dingen: zelf octrooien aanvragen, of je software open source maken en als zodanig publiceren, b.v. op sourceforge.